Согласно Письма Минфина России от 15.04.2019 № 03-02-07/1/26682 организация, перешедшая с ОСНО на УСН, может иметь переплату по налогу на прибыль.
Переплату можно будет зачесть либо в счет уплаты авансовых платежей, либо в счет уплаты налога по итогам налогового периода.
Также если у Вас есть по одному налогу переплате, а по-другому недоимка для того, чтобы сделать зачета переплаты в счет имеющейся недоимки по налогам того же вида (федеральным, региональным или местным) заявление от Вас не требуется.
ИФНС сама обязана выявить переплату и сделать зачет по погашению недоимки. При этом для осуществление этой операции у ИФНС 10 дней со дня обнаружения им факта излишней уплаты налога.